En diciembre de 2020, científicos de la Facultad de Microbiología de la Universidad de Costa Rica (UCR) y del Instituto Costarricense de Investigación y Docencia en Nutrición y Salud (Inciensa) concluyeron que existe una cepa local del virus SARS-CoV-2.
Esta mutación no hace que el virus sea más letal, contagioso o agresivo, dicen los investigadores, aunque la cepa se está volviendo más común en Costa Rica.
En el informe de diciembre de 2020, la denominada variante T1117I registró una presencia del 14,5% en los 138 casos estudiados. Un informe de enero de 2021 muestra que ese número ha aumentado al 29,2%. Esto supera significativamente la frecuencia internacional de la cepa de menos del 1%.
Según la base de datos internacional GISAID, una plataforma que promueve la distribución rápida de información relacionada con virus (incluido el SARS-CoV-2), Nueva Zelanda, Australia y Bangladesh han informado de la variante. Sin embargo, esas naciones han contabilizado casos de un solo dígito.
Otros países que también han reportado T1117I, pero con casos mínimos, incluyen Chile y Sudáfrica.
Ahora la pregunta es ¿porque? ¿Qué significa la variante para Costa Rica y para la batalla contra el coronavirus?
Para responder a estas preguntas, nos dirigimos al Dr. José Arturo Molina Mora, microbiólogo bioinformático del Centro de Investigación en Enfermedades Tropicales (CIET) de la Facultad de Microbiología y coordinador del proyecto de análisis genómico de virus de la UCR.
En una entrevista anterior, explicó el trabajo que la UCR realiza con Inciensa para monitorear el comportamiento del virus. ¿Cuántas variantes, en general, has conseguido encontrar hasta la fecha?
Dr. José Arturo Molina Mora (JMM): “En la última entrevista dije que habíamos descrito hasta 15 mutaciones por genoma y que estas mutaciones también se reportaron en otras partes del mundo. Hasta la fecha, ya hemos detectado hasta 22 mutaciones por genoma, para un total de 283 mutaciones diferentes en todos los genomas que hemos analizado juntos.
Como antes, no tenemos ninguna asociación de genomas virales o tipos de virus con la mortalidad. En otras palabras, independientemente de la variante con la que tenga la infección, en este momento un paciente tiene la misma probabilidad de morir (o no) de la enfermedad causada por el virus”.
¿Cuál es la importancia de esta vigilancia de mutaciones?
JMM: “Para el país es muy relevante estudiar el genoma completo y detectar mutaciones porque nos permite saber si existe alguna variación en la forma en que se transmite el virus, si modificaría la severidad de la enfermedad o, incluso, si pudiera provocar cambios en la eficacia de los tratamientos o vacunas.
Las mutaciones del SARS-CoV-2 pueden ser neutras, positivas o negativas. Es decir, alguna mutación o variación podría empeorar la situación o, en cambio, mostrar una adaptación que haga que la situación mejore para nosotros.
Una mutación no es necesariamente sinónimo de algo malo. Pero puede ser que algunos sean más agresivos y es precisamente por eso que hay que vigilarlos. Si no hacemos este trabajo, ningún otro país del mundo vendrá aquí para hacerlo».
Hablemos de esta nueva variante, T1117I, que en Costa Rica está presente en el 29,2% de los casos estudiados, cuando a nivel internacional ni llega al 1%. ¿Cómo llegaste a encontrarlo?
JMM: “Para encontrar nuevas variantes, hacemos un análisis de mutación, que consiste en estudiar el genoma. El genoma del SARS-CoV-2 tiene 29.903 letras (nucleótidos).
Entonces, en esa línea de letras vemos si hay una variante y determinamos su posición en la secuencia del genoma. Por tanto, sabemos cuál es la alteración. Por ejemplo, en la posición 14.408 del genoma original de Wuhan hay una referencia C (citocina).
En el caso costarricense, y en la mayoría de los genomas del mundo, existe una mutación en esa posición 14.408 que se ha denominado D614G del pico.
En lugar de tener una C, el 98,9% de las cepas en Costa Rica tienen una T (timina). Esta mutación es una de las más comunes del mundo. Pero ahora informamos una mutación casi exclusiva para nuestro país en la posición 24,912 llamada T1117I de la espícula”.
¿Y cuándo se dio cuenta de que teníamos la variante T1117I en Costa Rica?
JMM: “En diciembre de 2020, nos dimos cuenta del T1117I. Cuando estás haciendo el estudio, vas mutación por mutación para ver cuál podría ser el efecto. Cuando encontré esa variante, dije: “¿Qué? ¡Espera un minuto!» Y comencé a investigar más.
En el informe de diciembre, que analizó el período marzo-agosto, dijimos que el T1117I en Costa Rica tuvo una frecuencia de 14% en agosto, mientras que en el mundo esta mutación no llegó al 1%, y que es muy escasamente reportada por otros paises.
Esta variación es muy predominante en Costa Rica. Hay algunos casos en Colombia y muy pocos en Malasia y Australia.
A enero de 2020 actualizamos la información con los genomas obtenidos de los casos hasta noviembre y vemos una frecuencia del 29% en esta mutación en Costa Rica. Es decir, ya se ha duplicado en nuestro país en apenas tres meses.
Entonces, ¿podría esta variante, la T1117I, ser considerada la más común en Costa Rica?
JMM: “No es el más frecuente, pero es el que más está aumentando con respecto a su historia. Veamos el caso de la variante D614G de la espícula. Al principio lo teníamos al 95%, luego al 98% y ahora al 99%.
Estos porcentajes reflejan que la variante D614G siempre ha sido muy alta y superior al 90% de las secuencias. Pero esta, la espícula T1117I, estaba previamente en cero y permaneció así durante varios meses hasta mayo. Ahora está aumentando.
Si llega la variante de Londres, por citar un caso, se espera que ocurra un aumento, similar al reportado en Inglaterra y Estados Unidos, porque se sugiere que tiene mayor tasa de transmisión.
Lo importante aquí es que estudiemos en detalle la variante T1117I ante la comunidad científica. Aunque no tuvimos el primer caso, hicimos el primer informe con un aumento sostenido a niveles no observados en ningún otro país. El primer caso fue en Alemania”.
¿Sabes qué provocó el origen de esta mutación en Costa Rica?
JMM: “No. Hay muchas hipótesis. Como el primer caso reportado fue en Alemania, una opción es que un alemán venga a Costa Rica y traiga esa mutación. Esa podría ser una explicación.
Otra es que puede haberse originado completamente en Costa Rica, independientemente de Alemania. Los escenarios son muy complejos.
Lo que sí sabemos es que los genomas que circulan en el país son producto de múltiples introducciones. Una vez me preguntaron: ‘¿El COVID-19 en Costa Rica es culpa del primer extranjero infectado que llegó al país?’ Realmente no. Era un caso, pero hay muchos más relatos de personas que lo trajeron de otros países, incluidos los costarricenses.
Como en otros países del mundo, los genomas que circulan son el producto de múltiples introducciones por parte de personas de varias naciones ”.
¿La mutación provoca un cambio en la letalidad o en la tasa de infección?
JMM: “El material genético lleva las instrucciones de cómo el virus va a ensamblar su espícula (esos picos que tiene en forma de corona y esa es su clave para ingresar a la célula humana). La oligomerización le da a la proteína del virus su forma final y la capacidad de interactuar con la célula humana.
Si nos centramos en la mutación T1117I, el análisis bioinformático predice que es muy probable que no tenga un efecto importante sobre cómo actúa la molécula con la célula humana. Por tanto, no debería afectar ningún cambio en la presentación de la enfermedad”.
¿Qué pasa con los impactos sobre la eficacia de la vacuna?
JMM: “Si esta mutación estuviera cerca de los sitios donde se reconocen los anticuerpos, sería preocupante allí porque pondría en peligro la eficacia de las vacunas. Pero este no es el caso. La mutación, al estar tan lejos, no debería afectar a la vacuna.
De las mutaciones encontradas en el mundo, en este momento, quizás la de Inglaterra sea la única cuya transmisión parece estar incrementada ”.
¿Cuántas mutaciones se necesitarían para que una vacuna no funcione?
JMM: “Una simple mutación puede llevarnos a un cambio transformacional total si se encuentra en un punto clave, pero también podría requerir varias mutaciones. Un simple cambio en las proteínas SARS-CoV-2 podría tener un efecto muy sorprendente en su forma tridimensional. Por eso la vigilancia es importante.
Para cada mes, se espera que el virus mute una o dos veces en Costa Rica, en promedio. Se espera que, dentro de tres meses, ya estén circulando 26 o 28 mutaciones que le dan al virus alguna característica adicional, ya sea positiva, negativa o ninguna. Para eso está la vigilancia».
¿Qué beneficio específico aporta esta variante T1117I al virus, ya que no lo hace más letal ni contagioso?
JMM: “Aquí quizás sea importante mencionar que no todas las mutaciones favorecen al virus. Pero la acumulación de mutaciones quizás sí. Por ejemplo, ¿qué pasa si estamos registrando este T1117I, pero luego este virus en algún momento acumula una nueva mutación que comienza a favorecer con el tiempo de forma similar?
El resultado es una acumulación de mutaciones, y ahí comenzaría a ver el efecto. Como dije, esto tampoco es un requisito, porque una sola mutación puede cambiar el panorama completo.
De momento, desconocemos las ventajas de esta mutación para el coronavirus. Tendríamos que esperar y seguir monitoreando su comportamiento”.
Entonces, ¿aún se requieren más estudios para determinar si la variante, junto con otras mutaciones, cambia el panorama?
JMM: “Eso es correcto. Los estudios que hacemos cambian su interpretación con el tiempo. Esto ha sucedido mucho con otras mutaciones. Si bien al principio se creía que algunos generaban aumento de transmisión, luego se concluyó que no. Algo similar nos podría pasar con la mutación TIII7I ”.
Finalmente, Dr. Molina, ¿qué puede esperar la población costarricense en los próximos meses?
JMM: “Lo más importante de esto, que se aplica a la mutación en Costa Rica, es que por el momento ninguna de las mutaciones ha reportado un cambio en la forma en que se va a desarrollar la enfermedad.
COVID-19 sigue dependiendo de factores de riesgo. Tienes que seguir prestando atención a las medidas. Además, que independientemente de si me va a llegar la versión GH, GR o G del virus, debemos prevenir la infección desde un punto de vista individual y colectivo, especialmente en personas de alto riesgo.
Desde la UCR e Inciensa vamos a seguir detectando mutaciones, pero eso seguramente no cambiará las reglas de control del virus”.
